Vincent Valentine : présent lors de l'attaque de Khalm, Vincent se lance sur les traces de Deepground à la demande Reeve Tuetsi, l'ancien chef du développement urbain de la Shinra. De plus, cela lui permettra peut-être de lever les zones d'ombres qui règnent sur son passé.
Reeve Tuetsi : l'ancien chef du développement urbain de la Shinra est désormais le directeur de l'ORM, organisation para-militaire qui cherche à faire la lumière sur les nombreuses disparitions survenant dans tous les coins du monde. En parcourant les fichiers secrets de Scarelt, il découvre ainsi l'existence de Deepground et de son groupe d'élite, les Tsviets.
Cait Sith : la peluche espion de Reeve Tuetsi existe toujours en plusieurs exemplaires. Malgré son look original, il est parfait pour les missions d'infiltration et d'espionnage. De plus, en tant qu'expert en déguisement, cette petite peluche sert de doublure à Reeve, menacé par l'émergence de Deepground.
Shalua : malgré son œil fermé et son bras mécanique, récoltés à la suite d'un terrible accident, cette scientifique de l'ORM est parfaitement capable de se défendre toute seule. Etudiant le peu qui a été retrouvé des théories du docteur Lucresia Crescent, elle se rend vite compte du rôle que doit jouer Vincent dans le scénario mis en place par Deepground.
Weiss : avec les Tsviets et plus d'un millier de soldats suréquipés sous ses ordres, Weiss est sans conteste le nouveau messager du chaos. Promettant la fin du monde aux "êtres impurs", ses manœuvres et son plan semblent très flous, mais il s'intéresse de très prêt à Vincent Valentine, et n'hésitera pas à faire tuer quiconque se mettra en travers de son chemin.
Rosso l'écarlate : cette membre des Tsviets est une tueuse redoutable, armée de son pistolet à double lame horizontale. Ayant depuis longtemps abandonnée toute once d'humanité en elle, elle ne vit que pour tuer, et attend patiemment un vrai guerrier qu'elle pourra affronter.
Azul le Céruléen : guerrier à la force herculéenne, Azul ne vit que pour servir les plans de son maître Weiss. Il ne faut pas se fier à son côté balourd, c'est un adversaire redoutable, qui possède en plus un atout majeur le rendant quasi-invulnérable.
Néro le Sable : aussi puissant que mystérieux, on ne sait pas grand chose de lui, hormis qu'il est d'un dévouement sans faille, et que sa présence sur les champs de bataille inspirent la crainte et l'effroi. Son face-à-face avec Vincent semble inévitable.
Shelke : que l'on ne s'y trompe pas, sous cet air angélique se cache un tueur sans pitié. Utilisant deux épées courtes à énergies, usant de ses pouvoirs télépathiques et pouvant donner à son corps une vitesse insoupçonnable, elle est au moins aussi redoutable que ses collègues. Cependant, Shelke possède une faiblesse : son corps doit être nourri en permanence de Mako, sans quoi elle meure.
Yuffie Kirasagi : toujours aussi bavarde, malicieuse et drôle, Yuffie n'a pas changé. Ayant, semble-t-il, mis de côté la chasse aux matérias, cette ninja du clan Wutai a décidé d'aider Reeve Tuetsi et l'ORM à combattre la menace grandissante de Deepground.
Docteur Lucresia Crescent : cette scientifique de la Shinra travaillait avec le professeur Hojo quand elle eut un jeune Turk nommé Vincent Valentine comme garde du corps, avec qui elle noua très vite une relation intime. Choisie pour être la mère de Sephiroth, le légendaire guerrier, elle mourut peu après, laissant plus de trente ans après Vincent avec ses questions sans réponses, ses doutes et son chagrin. Quel rôle joua-t-elle vraiment dans les expériences sordides menées par Hojo ?